Одна из причин: По правилам в программе 1С при заполнении новой формы 6 НДФЛ за 1 квартал 2021 года в поле ОКТМО титульного листа заполняется ОКТМО до 8 знаков для юридических лиц. таким образом если в справочнике Регистрация в налоговом органе указан ОКТМО длиною 11 знаков, то при заполнении формы ОКТМО обрежится до 8 и далее разделы 1-2 не заполнятся.
Причина выявлена на нашем реальном клиенте. Чтобы понять и найти причину понадобилось около 5 часов